El argumento de "Fanny en la frontera" gira alrededor del concepto de libertad, visto desde diferentes puntos de vista. Fanny, una chica de diecisiete años, decide olvidar una rutinaria existencia y buscar nuevos horizontes, viviendo aventuras en el salvaje panorama de la frontera mexico-norteamericana. En este devenir, se encuentra con Ben, un viejo vaquero acostumbrado a vivir en completa libertad, siempre de aquí para allá, que está empezando a pensar en retirarse, tener un hogar. Ambos se ven envueltos en los comienzos de una guerra entre bandas de narcotraficantes. Por un lado, el poderoso don Carlos, que descubre que el poder quita libertad en vez de dársela. Por otro, una fantasmal banda dirigida por Paul, atado por la ambición y la venganza. A su alrededor, aparecen otros personajes, como el Cubano, que encuentra su libertad en el amor y quiere renunciar por él a una vida fácil pero peligrosa; el Sheriff Drexler, que confunde su trabajo y la ambición personal; Birdie, Mike Duffin, Carmelo, Snake o Raúl Luna, que añaden nuevas consideraciones al tema central de la novela, cada uno desde su particular visión y con sus correspondientes ataduras. La guerra en la frontera se recrudece y don Carlos inicia su Via Crucis personal, que alcanza su cénit en un hotel de Dallas.
Todas estas historias se unen en un final tan estruendoso como violento, homenaje a algunas películas americanas de los setenta (y, de modo tangencial, a Faulkner) en el que cada personaje encuentra su destino.
